En 1977, con fundamento en el artículo 10 de la Ley Orgánica de la UNAM, el Patronato Universitario acuerda la creación de la Dirección General de Control e Informática.
El 18 de mayo de 2007 y por acuerdo del Patronato Universitario, cambia su denominación a Dirección General de Control Presupuestal e Informática.
A partir del 18 de Agosto de 2016 su nombre se modifica para quedar como Dirección General de Control Presupuestal, con base en la modificación al Reglamento Interior del Patronato Universitario, aprobada por el Consejo Universitario en su sesión Ordinaria de esa fecha y se adscribe a la Tesorería, conforme a lo establecido en el Acuerdo del Patronato Universitario del 08 de septiembre del mismo año.